1999 жана 2000-жылдары Өзбекстан Ислам кыймылынын мыйзамсыз куралдуу түзүмдөрүнүн өлкөнүн түштүгүнө кириши аскердик курулушту жандандыруунун түрткүсү болду. Мамлекеттин аскердик уюштурулушун жакшыртуу максатында коркунучка дуушар болгон багыттарда чек ара бөлүктөрү түзүлүп, жайгаштырылды. Түштүк группировкасынын курамында ыкчам жооп берүү бөлүктөрү түзүлдү. Бирок аналитиктер аскердик аракеттерди жүргүзүү боюнча бөлүктөрдүн жана бирикмелердин жакшы даярдалбаганын, авиация, байланыш каражаттары, чек араны коргоо үчүн техникалык каражаттардын жетишпей турганын, курал-жарак, техника, аскердик заттар, башка материалдык-техникалык каражаттар боюнча оперативдүү-стратегиялык запастардын түзүлбөгөнүн, аскердик инфраструктуранын өнүкпөгөнүн, чалгындоо жаатында алсыздык бар экенин белгилешти.
Жаңы кырдаалды оңдоо жолдору жана ыкмалары 2002-жылдагы Аскердик доктрина менен белгиленди. Аскердик курулуштун негизги максаты «азыркы курал-жарак, аскердик техника менен жабдылган, жогорку тоолуу шарттарда аскердик аракеттерди жүргүзүү үчүн материалдык каражаттар менен камсыздалган, кыска мөөнөттө аймактык бүтүндүктү, конституциялык түзүлүштү, суверенитетти жана мамлекеттин жарандарынын коопсуздугун камсыздай ала турган кичинекей, тоолуу, компакттуу жана мобилдүү куралдуу күчтөрдү түзүү» деп белгиленди.
Кыргыз Республикасынын Куралдуу Күчтөрүн куруу үч этапта жүргүзүлөт, бул мамлекеттик аскердик коопсуздукту камсыздоо жана экономикалык мүмкүнчүлүктөргө ылайык. Биринчи этапта 2002-жылдан баштап, эл аралык террорчулардын бандиттик түзүмдөрүнүн Кыргыз Республикасына кирүүсүнө каршы аракеттерди жүргүзүү үчүн ыкчам жооп берүү күчтөрүнүн даярдыгын жакшыртуу пландалган. Экинчи этапта 2004-2007-жылдар аралыгында куралдуу конфликттерде өз алдынча же Борбордук Азиянын коопсуздук үчүн Коллективдүү күчтөрүнүн курамында милдеттерди аткара алчу Куралдуу Күчтөрдү даярдоо жана кармоо пландалган. Үчүнчү этапта 2008-2010-жылдар аралыгында регионалдык масштабдагы куралдуу конфликттерде өз алдынча же коалициялык куралдуу күчтөрдүн курамында милдеттерди аткара алчу Куралдуу Күчтөрдү даярдоо жана кармоо пландалган.
Структуралык жактан куралдуу күчтөр жалпы максаттагы күчтөр, ыкчам жайгаштыруучу күчтөр, ыкчам жооп берүү күчтөрү жана мамлекеттик чек араны коргоо күчтөрүн (чек ара кызматы) камтыйт.
Жалпы максаттагы күчтөр Кыргыз Республикасынын Куралдуу Күчтөрүнүн согуштук күчүнүн негизин түзөт, алар коркунучка дуушар болгон багыттарда алдын ала түзүлгөн группировкалардын курамында мобилизациялык жана оперативдүү жайгаштыруу үчүн даярдыктат. Алар сырттан болгон агрессияны токтотуу жана агрессорду (эл аралык терроризмдин ири түзүмдөрүн) Кыргыз Республикасынан чыгаруу үчүн өз алдынча же катышуучу мамлекеттердин коалициялык группировкаларынын курамында иш алып барышат.
Ыкчам жайгаштыруучу күчтөр коркунучка дуушар болгон багыттарда мобилизациялоо, оперативдүү жайгаштыруу үчүн даярдыктат, ыкчам жооп берүү күчтөрүнүн согуштук мүмкүнчүлүктөрүн жана мамлекеттик чек араны коргоо күчтөрүнүн масштабындагы куралдуу конфликттерде, ошондой эле маанилүү стратегиялык мааниге ээ мамлекеттик объекттерди коргоо үчүн.
Ыкчам жооп берүү күчтөрү мобилдүү бөлүктөрдөн жана атайын максаттагы бөлүмдөрдөн турат, алар толук курамдагы МО, ИИМ, УКК, ТЖМ, Улуттук гвардия (УГ) тарабынан кармалып, мамлекеттик чек араны коргоо, башка күчтөрдү жайгаштырууну камсыздоо, эл аралык террорчулардын бандиттик түзүмдөрүн чек ара зонасында локализациялоо жана жок кылуу боюнча милдеттерди аткарууга дайыма даяр.
Аскердик доктринага ылайык, «...мамлекеттин коргоосу мобилизациялык даярдык принципине негизделет. Ал коркунучка дуушар болгон багыттарда жалпы максаттагы күчтөрдүн группировкаларын убакытында көбөйтүү, согуштук даярдыктагы аскерлерди башка аймактардан кайра топтоо, ошондой эле Кыргыз Республикасынын Куралдуу Күчтөрүн жарым-жартылай же толук оперативдүү жайгаштырууга негизделет». Ошол эле учурда аскердик даярдыктагы ресурстар аскердик кызмат учурунда чакыруу жана контракт боюнча жарандык жогорку окуу жайларынын аскердик кафедралары жана аскердик жыйындар аркылуу даярдалат.
