Вторжение незаконных вооруженных формирований Исламского движения Узбекистана на юг страны в 1999 и 2000 годах послужили толчком для интенсификации военного строительства. В целях совершенствования военной организации государства на направлениях, находящихся под угрозой, были созданы и развернуты пограничные части. Сформированы части быстрого реагирования в составе Южной группировки войск. Однако аналитики отмечали, что соединения и части слабо обучены ведению боевых действий в горах, не хватает авиации, средств связи, технических средств охраны границы, не созданы оперативно-стратегические запасы вооружения, техники, боеприпасов, других материально- технических средств, не развита военная инфраструктура, слабым звеном является разведка.
Пути и способы исправления ситуации намечены Военной доктриной 2002 года. Главной целью военного строительства определено «создание небольших, горных, компактных и мобильных вооруженных сил, оснащенных современным вооружением, военной техникой, обеспеченных материальными средствами для ведения военных действий в условиях высокогорья, способных в короткие сроки гарантированно обеспечить защиту территориальной целостности, конституционного строя, суверенитета и граждан государства».
Строительство ВС Кыргызской Республики предусмотрено осуществить в три этапа в соответствии с задачами обеспечения военной безопасности и экономическими возможностями государства. На первом этапе с 2002 по год планировалось совершенствование подготовки сил немедленного реагирования для выполнения задач по противодействию проникновения бандформирований международных террористов на территорию Кыргызской Республики. На втором — с 2004 по 2007 год — подготовка и содержание ВС, способных после доукомплектования и отмобилизования выполнять задачи в вооруженных конфликтах локального масштаба самостоятельно или в составе Коллективных сил быстрого развертывания Центрально- азиатского региона коллективной безопасности. На третьем — с 2008 по 2010 год — подготовка и содержание ВС, способных самостоятельно или в составе коалиционных вооруженных сил государств — участников ДКБ выполнять задачи в вооруженных конфликтах регионального масштаба.
Структурно вооруженные силы представляют собой силы общего назначения, силы быстрого развертывания, силы немедленного реагирования и силы охраны государственной границы (пограничная служба).
Силы общего назначения составляют основу боевой мощи Вооруженных сил Кыргызской Республики, содержатся в готовности к мобилизационному и оперативному развертыванию в составе заблаговременно созданных группировок на направлениях, находящихся под угрозой. Предназначены для отражения агрессии извне и изгнания агрессора (крупных формирований международного терроризма) с территории Кыргызской Республики самостоятельно или в составе коалиционных группировок ВС участвующих государств.
Силы быстрого развертывания содержатся в готовности к доукомплектованию, оперативному развертыванию на направлениях, находящихся под угрозой, в целях наращивания боевых возможностей группировок сил немедленного реагирования и охраны государственной границы в приграничном вооруженном конфликте любого масштаба, а также для прикрытия государственных объектов, имеющих- важное стратегическое значение.
Силы немедленного реагирования состоят из мобильных частей и подразделений специального назначения полного состава МО, ВВ МВД, СНБ, МЭиЧС, Национальной гвардии (НГ) и содержатся в постоянной готовности к выполнению задач прикрытия государственной границы, обеспечения развертывания других сил, локализации и уничтожения бандформирований международных террористов в приграничной зоне во взаимодействии с силами охраны государственной границы.
Согласно Военной доктрине, «...оборона государства строится на принципе мобилизационной готовности. Она основывается на своевременном наращивании группировок сил общего назначения на направлениях, находящихся под угрозой, адекватно уровню военной угрозы путем перегруппировки боеготовных войск из других районов, а также на основе частичного или полного оперативного развертывания Вооруженных сил Кыргызской Республики». При этом военнообученные ресурсы готовятся в период прохождения военной службы по призыву и контракту военными кафедрами при гражданских высших учебных заведениях и на военных сборах.
