Этнонимы «тюрк» и «тюркут» впервые упоминаются в китайской летописи 546 года. Обозначая самоназвание народа, они заключали в себе, согласно руническим текстам, понятия «сильный», «устойчивый», «непоколебимый». С другой стороны, этнонимы имели скорее социальное, нежели этническое значение, так как первоначально их соотносили только с представителями военной аристократии. Со временем они распространились не только на род, возглавляемый военной аристократией, но также и на подвластные им народы.
Племя тюрков образовалось в IV-V веках в среде хунну, считавших своим прародителем Ашина — сына мифической волчицы. В середине V века тюрки находились в подчинении жуан-жуаньского (аварского) кагана, а главным местом их расселения был Алтай. Впоследствии в состав тюркских народов вошли многие племена: огузы, хунну, азы, чики, кыр¬гызы, кимаки, кипчаки, булгары, авары, тохары, тюргеши, карлуки, уйгуры, басмылы, чигили, ягма, тухси, йездгеры, печенеги, катаганы и многие другие.
Массовое смешение и взаимопроникновение племен и народов в евразийском тюркском государстве обусловило тюркизацию населения и на территории Кыргызстана. Известно, что Семиречье два раза пережило согдийскую колонизацию: в V-VI веках и IX веке. Следовательно, Кыргызстан вплоть до монгольского нашествия населяли оседлые племена (согдийцы, оседлые тюрки из конфедераций нушеби) и кочевые, а также полукочевые тюркоязычные племена. Местные племена ассимилировались с племенами, пришедшими извне. В их внешнем облике все значительнее стали проявляться монголоидные черты. Среди тех, кто говорил на согдийском языке (язык иранской группы языков), все больше закреплялось тюркское наречие.
Из крупных племен, проживавших непосредственно на территории Кыргызстана и образовавших государства, были тюргеши, карлуки, чигил и ягма. Тюргеши входили в конфедерацию дулу племенного объединения «народ десяти племен» и населяли долины между реками Или и Чу. Тюргеши делились на два рода — желтые тюргеши и черные тюргеши. Самоназвание «карлук бодун» (народ карлуков) или «уч карлук» (три племени карлуков) распространялось на сильный союз кочевых племен, границы владений которых простирались от Монгольского Алтая до побережья озера Балхаш, а также к северу и югу от Тарбагатайского хребта. Карлукское объединение состояло из трех больших тюркских племен — булак, чигил (или себек) и ташлык. В Караханидском государстве определяющие позиции занимали тюркские роды чигил и ягма, входившие в племенное объединение карлуков. Именно из них происходили в основном тюркские каганы.
Численность енисейских кыргызов в раннем средневековье была невелика. Однако в период великодержавия оно резко возросло. Если учесть, что в 840 году кыргызы выставили против Уйгурского каганата стотысячное войско, а также то, что по правилам тех времен тюркские племена выделяли от каждых трех-пяти человек одного воина, то предположительное количество кыргызов составляло от 300 до 500 тыс. Следовательно, из множества племен Центральной Азии кыргызы занимали по численности второе место после уйгуров. Новые условия способствовали развитию, консолидации и укреплению кыргызского этноса. Целый ряд небольших племен влились в состав кыргызских. Например, часть сартов, проживавших в Джунгарском регионе тюркских племен, ассимилировалась с кыргызами и образовала племя сарт. Часть татар, мангытов и ногоев, связанная общими предками с монголами, вошла в состав кыргызского племени «шестьдесят родов». Таким образом, эпоха возвышения Кыргызского каганата на Енисее — время формирования феодальных отношений, в недрах которого зарождались основы современной кыргызской нации.
Сведений о кыргызах XI-XII веков очень мало. Относящиеся к этому времени письменные источники упоминают лишь о трех-пяти небольших владениях кыргызов. Накануне монгольского завоевания кыргызы образовали два княжества (государства): Кем-Кемджуит и собственно Кыргызское княжество. Кем-Кемджуит находился на Енисее, а княжество кыргызов располагалось в Горном Алтае и в северных районах Джунгарии. Их правители носили титул инал.
В 1207 году енисейские кыргызы без войны признали зависимость от монгольской империи Чингисхана. В 1218 году они восстали вместе с туматами (тувинцами) против монголов, но завоевать независимость не смогли, слишком неравными были силы сторон. В 1226 году после смерти старшего сына Чингисхана — Джучи кыргызы оказались под властью великого кагана Тулуя. Во время правления Угедея (1229-1241) кыргызы получили относительное спокойствие, поскольку он женился на кыргызке по имени Джачин, которая стала четвертой «главной» женой великого хана.
В 1273 году кыргызы восстали и изгнали монгольского наместника Хубилая — китайца Лю Хаоли. Они восстановили свое независимое государство на Енисее, но просуществовало оно всего 20 лет. Именно в эти годы шла упорная борьба за верховную монгольскую власть между Хубилаем и правителем Средней Азии Хайду В 1293 году Хубилай направил для покорения кыргызов большую армию во главе с кыпчаком Тутуха, который покончил с сепаратизмом кыргызов на Енисее, и они снова вошли в состав монгольской империи. Этот факт показывает, что кыргызы в результате героической борьбы сумели — пусть на непродолжительное время — добиться независимости от монголов, которые именно в этот период подчинили себе народы Китая, Средней Азии, Ближнего и Среднего Востока, Кавказа, Руси.
В течение XIII-XV веков енисейские кыргызы постепенно переселялись на Тенир-Тоо. Это происходило как инди¬видуально, так и в рамках монгольской экспансии (кыргызы перебирались в другие регионы в составе монгольских войск). В период существования Моголистана племена кыргызов постепенно стали занимать пустующие пастбища, подчиняя себе осколки разбитых Тимуром могольских племен. К концу XV века политическое господство монголов над народами Кыргызстана ослабло, и в 80-е годы этого века на территории современного Северного Кыргызстана сложилось новое объединение племен, ядром которого стали кыргызы. Две группы кыргызских племен составили два «крыла» — традиционное объединение всех тюркских кочевников, начиная с гуннов (онг канат — правое крыло и сол канат — левое крыло). Имелась и третья группа племен, называвшаяся ичкилик. Все племена, вошедшие в новую систему, стали именоваться общим этнонимом «кыргыз».
Таким образом, основу образовавшегося в XIV-XVII веках кыргызского народа составляли местные тюркоязычные племена, перебравшияся группы тюркоязычных, южно¬сибирских и центральноазиатских племен, выходцы из монгольских и казахо-ногайских племен, а также енисейские кыргызы.
Последние научные данные по этногенезу кыргызского народа позволяют утверждать, что кыргызы являются потомками саков, усуней, он ок бодун, тюргешей, карлуков, чигил и ягма, автохтонно проживавших на территории Кыргызстана с середины первого тысячелетия до н. э. до начала монгольского нашествия. Таким образом, еще до того, когда в результате прихода монголов в Фергану начали расселяться айылы сына легендарного Долон бия — Ак уула и его внука Отуз уула, здесь вполне могли жить кыргызы. В XVI веке сыновья Отуз уул Адыгине и Тагай в Фергане были известными биями, родоправителями. Согласно одной из последних научных гипотез, еще до XVII века в Фергане жили «старые» кыргызы (он уул — десять сыновей и отуз уул — тридцать сыновей). Эту гипотезу подтверждают многие санжыры и материалы кыргызских эпосов, начиная с «Манаса». Так или иначе, во всех санжырах и эпосах Ферганская долина фигурирует как одно из древних мест обитания кыргызов. Более того, источник XVI века «Маджму ат-таварих» называет основной родиной кыргызов (гызов или гузов) именно Ферганскую долину (Ходжентские горы, Узген, Алай, Андаген, Аксы, Касан, Чаткал и другие).
