Этнонимдер «тюрк» жана «тюркут» биринчи жолу кытай жылнамасында 546-жылы аталган. Элдин өз аталышын билдирип, алар руникалык тексттерге ылайык «кубаттуу», «туруктуу», «бузулгус» деген түшүнүктөрдү камтыган. Экинчи жагынан, этнонимдер социалдык, этникалык мааниден көбүрөөк, анткени башында аларды аскердик аристократиянын өкүлдөрү менен гана байланыштырышкан. Убакыттын өтүшү менен алар аскердик аристократияны башкарып турган уруудан тышкары, алардын кол астындагы элдерге да жайылган.
Тюрк уруусу IV-V кылымдарда өзүн хунну деп эсептегендердин арасында пайда болгон, алар өздөрүнүн ата-бабасы Ашина — мифтик түлкүдүн уулу деп эсептешкен. V кылымдын ортосунда тюрктар жуан-жуань (авар) каганынын кол астында болушкан, алардын негизги жайгашкан жери Алтай болгон. Кийинчерээк тюрк элдеринин курамына көптөгөн уруулар кирген: огузы, хунну, азы, чики, кыргыздар, кимактар, кипчактар, булгарлар, аварлар, тохарлар, тюргештер, карлуктар, уйгурлар, басмылылар, чигилдер, ягма, тухси, йездгери, печенегдер, катагандар жана башка көптөгөн.
Энисей кыргыздарынын саны орто кылымдарда аз болгон. Бирок, чоң империялык мезгилде ал кескин өскөн. Эгер 840-жылы кыргыздар Уйгур каганатына каршы жүз миңдик аскер чыгарышканын жана ошол учурда тюрк уруулары үч-беш адамдан бир жоокерди бөлүп чыгарышканын эске алсак, кыргыздардын болжолдуу саны 300дөн 500 миңге чейин болушу мүмкүн. Демек, Борбордук Азиядагы көптөгөн уруулар арасында кыргыздар саны боюнча уйгурлардан кийин экинчи орунду ээлешкен. Жаңы шарттар кыргыз этносуна өнүгүүгө, консолидациялоого жана бекемдөөгө жардам берген. Бир катар кичинекей уруулар кыргыз урууларына кошулган. Мисалы, Жунгар аймагында жашаган сарттардын бир бөлүгү кыргыздар менен ассимиляцияланып, сарт уруусун түзгөн. Татарлар, мангыттар жана ногойлордун бир бөлүгү, монголдор менен жалпы ата-бабалары болгон, кыргыз уруусунун «алтымыш уруусу» курамына кирген. Ошентип, Енисейдеги Кыргыз каганатынын көтөрүлүү мезгили — феодалдык мамилелердин калыптаныш мезгили болуп, анын ичинде азыркы кыргыз улутунун негиздери пайда болгон.
XI-XII кылымдардагы кыргыздар тууралуу маалыматтар абдан аз. Бул убакка тиешелүү жазма булактар кыргыздардын үч-беш кичинекей мамлекетин гана эскерет. Монголдордун басып алуусунан мурун кыргыздар эки княжество (мамлекет) түзүшкөн: Кем-Кемджуит жана Кыргыз княжествосу. Кем-Кемджуит Енисейде жайгашкан, ал эми кыргыз княжествосу Тоолуу Алтайда жана Жунгариянын түндүк аймактарында орун алган. Алардын башкаруучулары инал титулун алып жүрүшкөн.
1207-жылы енисей кыргыздары согушсуз Чингизхан монгол империясына көз каранды экенин мойнуна алышкан. 1218-жылы алар туматтар (тувиндер) менен бирге монголдорго каршы көтөрүлүшкө чыгышкан, бирок көз карандысыздыкты калыбына келтире алышкан эмес, тараптардын күчтөрү тең эмес болчу. 1226-жылы Чингизханнын улуу уулу Джучинин өлүмүнөн кийин кыргыздар улуу каган Тулунун кол астына өтүшкөн. Угедейдин (1229-1241) башкаруусунда кыргыздар салыштырмалуу тынчтыкка ээ болушкан, анткени ал кыргыз кызы Джачинге үйлөнгөн, ал улуу хандын төртүнчү «башкы» жубайы болгон.
1273-жылы кыргыздар көтөрүлүп, монгол наместниги Хубилайды — кытайлык Лю Хаолини кууп чыгышкан. Алар Енисейде өз көз карандысыз мамлекетин калыбына келтиришкен, бирок ал болгону 20 жыл жашаган. Дал ушул жылдары Хубилай менен Орто Азиянын башкаруучусу Хайду ортосунда монголдук үстөмдүк үчүн катуу күрөш жүрүп жаткан. 1293-жылы Хубилай кыргыздарды багындыруу үчүн чоң аскер жиберген, аны кыпчак Тутуха башкарып, кыргыздардын Енисейдеги бөлүнүүсүн токтотуп, алар кайрадан монгол империясынын курамына киришкен. Бул факт кыргыздардын баатырдык күрөшүнүн натыйжасында — кыска убакытка болсо да — монголдордон көз карандысыздыкка жетишкенин көрсөтөт, анткени ошол мезгилде монголдор Кытай, Орто Азия, Жакын жана Орто Чыгыш, Кавказ, Русь элдерин өзүнө каратып жатышкан.
XIII-XV кылымдарда енисей кыргыздары Тенир-Тоого акырындык менен көчүп жатышкан. Бул жеке түрдө да, монгол экспансиясынын алкагында да болуп жаткан (кыргыздар монгол аскерлеринин курамында башка аймактарга көчүп жатышкан). Моголистандын мезгилинде кыргыз уруулары акырындык менен бош калган жайыттарды ээлеп, Тимур тарабынан талкаланган монгол урууларынын калдыктарын өзүнө каратып алышкан. XV кылымдын аягында монголдордун кыргыз элдерине болгон саясий үстөмдүгү алсырап, 80-жылдарында азыркы Түндүк Кыргызстан аймагында жаңы уруулар бирикмеси түзүлгөн, анын өзөгү кыргыздар болгон. Эки кыргыз уруусу эки «канат» түзгөн — бардык тюрк кочевниктеринин традициялык бирикмеси, гунндардан баштап (оң канат — онг канат жана сол канат — сол канат). Үчүнчү уруулар тобу ичкилик деп аталган. Жаңы системага кирген бардык уруулар жалпы этноним «кыргыз» деп аталган.
Ошентип, XIV-XVII кылымдарда пайда болгон кыргыз улутунун негизин жергиликтүү тюрк тилдүү уруулар, тюрк тилдүү, түштүк-сибирдик жана борбордук азиялык уруулар, монгол жана казах-ногай урууларынан келгендер, ошондой эле енисей кыргыздары түзгөн.
Кыргыз улутунун этногенезине байланыштуу акыркы илимий маалыматтар кыргыздардын сактардын, усундардын, он ок бодундун, тюргештердин, карлуктардын, чигилдердин жана ягманын урпактары экенин көрсөтүп турат, алар биздин заманга чейин биринчи миң жылдыктын ортосунан монгол басып алуусуна чейин Кыргызстан аймагында жашашкан. Ошентип, монголдордун Ферганага келиши менен легендарлуу Долон биянын уулу Ак уулу жана анын небереси Отуз уулу келгенге чейин кыргыздар бул жерде жашап келген болушу мүмкүн. XVI кылымда Отуз уулунун уулдары Адыгине жана Тагай Ферганада белгилүү бийлер, урууларды башкаруучулар болушкан. Соңку илимий гипотезалардын бирине ылайык, XVII кылымга чейин Ферганада «эски» кыргыздар (он уул — он уул жана отуз уул — отуз уул) жашаган. Бул гипотезаны «Манас» эпосунан баштап, кыргыз эпосторунун көптөгөн санжырлары жана материалдары колдойт. Кандай болгон күндө да, бардык санжырларда жана эпостордо Фергана өрөөнү кыргыздардын байыркы жашаган жерлеринин бири катары көрсөтүлөт. Мындан тышкары, XVI кылымдагы «Маджму ат-таварих» булагы кыргыздардын (гыздар же гуздар) негизги мекени Фергана өрөөнү экенин атайт (Ходжент тоолору, Узген, Алай, Андаген, Аксы, Касан, Чаткал жана башка).
