1845-жылдагы көтөрүлүштөн кийин кыргыздар 1847-жылы дагы кипчактарга каршы чыгышты. Намангандагы Балыкчы аймагында чоң кармаш болду, бирок кыргыздар дагы бул жерде жеңилди. Аларга каршы чыккан негизги күчтөр кипчак отряддары, Мусульманкуланын жактоочулары тарабынан башкарыла турган феодалдардан турган.
Мындайча айтканда, хандык тарыхындагы эң караңгы мезгил - Худояр-хандын бийлик кылган убактысы башталды. Ал үч жолу бийлик кылган - тактыдан куулуп, кайрадан бийлигин калыбына келтирген. Бул деспоттун бийлик кылуу мезгилдери: 1844-1858 жж., 1862-1863 жж. жана 1865-1875 жж. Алар кыргыз элинин эң катаал эзүүсү болгон мезгил катары тарыхка кирди. Мисалы, "Коканд хандыгындагы башаламандык тууралуу" расмий катта орус чиновниги Н. Петровский кыргыздардын көтөрүлүшүнүн негизги себептери "хандыкты катаал, өтө деспоттук башкаруу" деп белгилеген.
Кошумчалай кетсек, коканддык башкаруучулардын экономикалык саясаты кыргыз калкынын өндүрүмдүүлүгүнүн өсүшүнө жардам берген жок. Айрыкча, салык кыргыз калкынын коканддык үстөмдүккө каршы көтөрүлүшүнүн негизги себеби болду. Тартылган экономика кийинчерээк бүткүл элдик кыймылга айланды.
Ошондой эле, Худояр жеке адам катары патологиялык түрдө катаал болгон. "Мажбурлап басып алуу, ууландыруу, бүт династиялык тукумдарды, жакын туугандарды өлтүрүү, түнкү чабуулдар, сууга чумшутуу, мурдагы бийликтерди тирүү кезинде чиркегичке отургузуу, жаш принцтерди уурдоо... талапкерлик, регенттик ж. б. ар бири артынан экинчи, үзгүлтүксүз улануучу" - деп белгилеген академик А.Ф. Миддендорф, Россияга кошулгандан кийин Ферганага келгенде.
Биз үчүн маанилүүсү, кыргыздар Худояр-ханды тактан кууп түшүрүүнүн негизги күчү жана уюштуруучулары болгон, мисалы, 1857-1858-жылдары Худояр-ханга каршы анын кичүү агасы Малля-бек үчүн заговорчулардын катарында болгон Алымбек датка. Тартипти өзгөртүү ийгиликтүү болду. Худояр Бухарага качып кетти. Тактыга Малля-хан отурду, ал 1858-1862-жылдары бийлик кылды. Бардык булактар бул окуяларда негизги ролду Ош жана Алай кыргыздарына беришет. Дал ушул учурда хандыктагы саясий бийлик дээрлик Алымбекке жана кыргыз уруучуларына өттү, бирок такта хан династиясынын өкүлү Минг кала берди.
1860-жылы, орус күчтөрү кыргыз көтөрүлүшчүлөрүнүн жардамы менен Пишпек жана Токмак бекеттерин басып алып, талкалагандан кийин, Чүй өрөөнүнө Ферганадан Малля-хан тарабынан Алымбек датка коканддык аскердин башында жөнөтүлдү. Анын жолу Борбордук Тянь-Шань аркылуу өттү. Куртка жана Кетмень-Тюбе аймагында ал өз аскерин 12 миңге жеткирди, Чүй өрөөнүндө анын аскерине кыргыз манаптары Байтик, Джангарача жана Шабданнын отряддары кошулду. Ошол жерде Алымбек Пишпекке жакындап келген коканддык отряддар менен 20 миңден ашык жоокер жана 10 зеңбирек менен Ташкенттин наместниги кипчак Канаат-шаанын жетекчилигинде кездешти. Соперниктер бийлик үчүн бөлүшө албай калышты - эч ким башкасынын үстөмдүгүн таанууга даяр болгон жок, ошондуктан Канаат-шаа 18-20-октябрда Узун-Агачтагы орус жоокерлерине каршы чыкканда, Алымбек кечигип, аны колдободу. Бирок, бул жерде, көрүнөт, жеке үстөмдүк үчүн атаандаштык эмес, Алымбек кыргыздары менен орус жоокерлерине каршы согушууну каалабагандыгы роль ойноду, анткени аларды Семиречен кыргыздары да колдошту (Иссык-Куль кыргыздары 1855-жылы Россиянын жарандыгын кабыл алышкан). Эгерде кандай болсо да, Алымбек согушка кирген жок жана өз аскерлерин алып кетти, бул коканддыктарды жеңилиске учуратты.
1858-жылы Худояр-ханга нааразы болгон Малабек Кара-Сууга келип, кыргыздардан жардам сурады, бул Асана-бия жана Алымбек датка сыяктуу уруучулардын жетекчилери тарабынан түшүнүү тапты, алар өз адамдарыменен ага колдоо көрсөтүштү. Бул күрөштүн жыйынтыгында Худояр-хан бийлигинен ажырады, ал эми тактыга анын жездеси Малля-хан (1858-1862 жж.) отурду.
Чокан Валиханов, ошол жылы кыргыз жерине келген, мындай деп жазган: "Малля-хан бийликке келгенде кыргыздарга ыраазычылык билдирип, алардын жетекчиси Алибекке (Алымбекке) минбашы кызматын убада кылган, бирок узак убакыт бою аны бул кызматта көргүсү келген жок. Муну менен катар, Алымбек датка ошол учурда башкы визирдин бардык укуктарын пайдаланды". Чынында эле, кыргыз элинин көрүнүктүү уулу Алымбек датка Малля-хандын бийлиги учурунда чектелбеген бийликке ээ болуп, чоң таасирге ээ болду. Бул мезгилде Алымбек датка түндүк кыргыз уруулары менен байланыштарын бекемдеп, кыргыз элинин биримдигин камсыз кылууга аракет кылды. Батыш Сибирь аймагынын губернатору Дюгамель Алымбек кызыкчылык көрсөтсө, Ала-Too округунун жетекчиси Г.А. Колпаковскийге сүйлөшүүлөрдү баштоону сунуштады.
