Суровой проверкой работоспособности государственного аппарата столицы стали годы Великой Отечественной войны народов Союза ССР против германского фашизма. Развязав в 1939 г. вторую мировую войну и поработив в ряде европейских стран, фашистская Германия значительно увеличила свой промышленный и военный потенциал и 22 июня 1941 г. внезапно напала на Советский Союз. К этому времени Германия оккупировала Чехословакию, Польшу, Францию, Бельгию, Голландию, Данию, Норвегию, Югославию, Грецию, установив господство почти над всей Западной Европой. Во всем капиталистическом мире не было силы, способной преградить путь фашистской военной машине. Враг имел существенное превосходство в людях, технике и вооружении. Великая Отечественная война, продолжавшаяся долгих четыре года, унесла десятки миллионов человеческих жизней. В этой войне решалась не только судьба Советского Союза, но и всей Европы, всей мировой цивилизации. В первый же день войны Верховной Совет Союза ССР объявив мобилизацию ввел в ряд республик и областей военное положение.
Начата была перестройка деятельности государственного аппарата. Мобилизация всех сил борьбы с врагом.
Кыргызстан и его столица Фрунзе (ныне Бишкек) на весь период четырехлетних военных действий оставался одним из тыловых регионов союза. От прочности и устойчивости тыла во многом зависел исход победы на фронте.
Началом перестройки работы государственного аппарата был положен Указ Президиума Верховного Совета Союза ССР от 26 июня 1941 г. «О режиме рабочего времени рабочих и служащих в военное время». На предприятиях был введен удлиненный рабочий день, сверхурочные работы, отменялись на время войны очередные отпуска, заменив их денежной компенсацией. Все рабочие и служащие в предприятиях военной промышленности объявлялись мобилизованными. Они бронировались. Трудоспособное население на период военного времени мобилизовалось для работы на производстве. Эти меры позволили обеспечить многие отрасли народного хозяйства рабочей силой.
Вслед за этим 16 августа 1941 г. СНК СССР и ЦК ВКП(б) утвердил военно-хозяйственный план на четвертый квартал 1941 г. и на 1942 г. для тыловых регионов страны, к числу их также относилась и Киргизская ССР. Это представляло программу, определившая основные направления перестройки всего народного хозяйства на военный лад.
Осуществление ее давала возможность государству создать на востоке страны военно-экономические базы на период военных действий.
Третий пятилетний план развития народного хозяйства в Киргизской АССР
