Каралып жаткан мезгилде кыргыз калкы азыркы Кыргыз Республикасын түзгөн аймактын дээрлик ошол эле бөлүгүн ээлеген.
Кыргызстан Коканд хандыгынын курамына дароо кирген жок. XVIII кылымдын башында кыргыздардын басымдуу бөлүгү Фергана өрөөнүнүн тегерегинде, тоо боорлорунда жана тоолорунда жашаган, алардын бир бөлүгү жарым-жартылай отурукташкан, 심지어 отурукташкан. 1711-жылы Коканд мамлекетинин негизделиши менен Маргелан жана Кух-кенд аймактарынын тегерегинде (бул жерде 1730-жылдары жаңы мамлекеттик түзүлүш катары Коканд шаары негизделген) сарттар (отурукташкан өзбек, тажик, шаарларда жана айылдарда жашагандар) менен бирге «илатиййа» өкүлдөрү (боюнча отурукташкан жана негизинен жарым-жартылай отурукташкан кыргыздар, өзбектер, кипчактар, түркөлөр) да пайда болгон, алардын айылдары жана кыштактары ушул жерлерде жайгашкан. XVIII кылымдын 20-50-жылдарында Коканд хандыгы Андижан, Наманган, Кожент жана башка вилайеттердин аймагын кошуп, кеңейди. Табигый эле, бул жерлерде жашаган кыргыздар да хандыкка кирген. Бириктирүү тенденциясы Ферганага жунгар-ойраттардын чабуулу учурунда күчөдү, ал кезде кушчу уруусунан чыккан таасирдүү кыргыз бийи Кубат (Ковад- мырза) кыргыздардын жоокерлерин Коканд сарбаздарынын колдоосу менен чет элдик баскынчыларга каршы ийгиликтүү күрөшүп жатты. 1760-жылдардын ортосунда Фергана өрөөнүндөгү бардык кыргыз уруулары Коканд хандыгынын курамына бирикти. Ошол убактан тартып көптөгөн кыргыз тукумдары хандыкты башкарууга жакын катыша башташты. 1820-1830-жылдары Коканд хандыгынын курамына Тогуз-Торо, Атбашы, Нарын, Тенир-Тоо (Тянь-Шань), Чүй, Кочкор, Джумгөл, Кемин жана Сусамыр өрөөндөрү, Иссык-Куль чөлкөмүндөгү кыргыздар кирди.
Бирок Россия тарабынан басып алынган Иссык-Кульдук кыргыздар (1850-жылдары) жана Чүй, Талас өрөөндөрүндөгү жана азыркы Нарын облусундагы кыргыздар (1860-жылдары) хандык курамынан чыгып кетишти. Кыргызстаннын түштүк бөлүгү (азыркы Жалалабат, Ош жана Баткен облустары) 1876-жылга чейин, т.а. Россия тарабынан хандык толук басып алынганга чейин Коканд хандыгында калды.
Коканд хандыгынын административдик-территориялык структурасы туруктуу эмес эле. Кыргыз эли хандык курамында өзүнө так белгиленген территориялык бирдикке ээ эмес болчу, кыргыздар Коканд хандыгынын бардык вилайеттеринде жашашкан. Хандык мезгилиндеги кыргыздардын жашаган жерлерин төмөнкүдөй аныктоого болот: азыркы Кыргыз Республикасынын Баткен облусу — Кожент, Коканд жана Маргелан вилайеттери боюнча тоо боорлору жана тоолор; азыркы Ош облусу — Ош вилайетинин аймактары, Андижан вилайетинин тоо боорлору жана тоолору; азыркы Жалалабат облусу — Наманган вилайетинин тоо боорлору жана тоолору.
Коканд мезгилиндеги азыркы Кыргызстандын түндүк облустарынын аймагы негизинен кыргыздардын номиналдуу көз карандысыз аймактары болгон. Иссык-Куль чөлкөмү, Чүй жана Талас өрөөндөрү, Тянь-Шань тоолору, мурдагыдай эле, кыргыз элинин байыркы аймактары болуп саналат.
1850-жылдары Россия тарабынан биринчи болуп Иссык-Куль чөлкөмүндөгү кыргыздар басып алынды. 1860-жылдардын башында цардык аскерлер Коканддын Пишпек жана Токмак бекеттерин жок кылып, Чүй кыргыздарын басып алышты. 1860-жылдардын ортосунда бир нече экспедициялардын натыйжасында нарындык кыргыздар Россиянын жарандыгын таанып алышты. Генерал Черняевдин Олуя-Ата (азыркы Тарас РК), Чымкент жана Ташкентке каршы 1863-1865-жылдардагы басып алуу жортуулдарынын натыйжасында Талас өрөөнүндөгү кыргыздар да басып алынды. Россия менен Коканд хандыгынын ортосунда 1868-жылы тынчтык келишими түзүлдү. Бирок, 1873-1876-жылдары кыргыздардын элдик көтөрүлүшүн пайдаланып, Россия хандык аймагына колониялык аскерлерди киргизди. 1875-1876-жылдар аралыгында Россиянын аскерлери кыргыздардын акыркы ханы Пулат-хан жана анын шериги Абдылдабек (белгилүү Курманжан даткасынын уулу) менен болгон каршылыгын канга батырып, 1876-жылдын биринчи жарымында Кыргызстандын бардык аймагын басып алууну аяктады. Ошентип, кыргыздар Россиянын Түркестан генерал-губернаторлугунун курамына киришти.
Түндүк Кыргызстан аймагы — азыркы Чүй, Иссык-Куль жана Нарын облустары — Токмак (кейин Пишпек) жана Каракол (кейин Нарын приставы менен Пржевальск) деген аталыштагы уезддик административдик бирдиктер катары Семиречен облусунун курамына кирди, борбору Верный (азыркы Алматы) шаарында болду. Ал эми азыркы Кыргызстандагы Талас облусу Сырдарья облусунун Аулие-Ата уездинин курамына кирди. Коканд хандыгынын жоюлушу жана анын ордуна 1876-жылы Фергана облусунун түзүлүшү менен Кыргызстандын бардык аймагы административдик жактан колониялаштырылды жана анын структурасы төмөнкүдөй болду. Түндүк Кыргызстан — азыркы Чүй, Иссык-Куль, Нарын жана Талас облустары, жогоруда айтылгандай, Семиречен жана Сырдарья облустарынын курамында болду. Кыргызстандын азыркы Жалалабат облусунун аймагы Наманган жана Андижан уездеринин курамына, Ош облусунун аймагы Ош, Андижан жана Маргелан уездеринин курамына, Баткен облусунун аймагы Маргелан жана Коканд уездеринин Фергана облусунун курамына кирди. Ал эми азыркы Баткен облусунун кичинекей бөлүгү (Ляйляк району) Самарканд облусунун Ходжент уездинин курамына кирди. Ошентип, Кыргызстандын аймагы Түркестан генерал-губернаторлугунун дээрлик бардык жерине жайгаштырылды.
Аймактын ички уюштурулушу империялык административдик салттардын духунда жүргүзүлүп, негизинен аскердик жетекчилик жана цардык казына кызыкчылыктарынан улам болду. Мамлекеттин курамына киргизилген, «чоңоруссиялык» борбордон социалдык-экономикалык өнүгүү темптеринен артта калган элдер менен жашаган аймактарды кошуу, царизм биринчи кезекте арзан жана натыйжалуу башкаруу системасын жана колониялык эксплуатацияны түзүүгө кам көрдү. Демек, административдик бирдиктерди түзүүдө анда жашаган калктын этникалык жана экономикалык өзгөчөлүктөрү такыр эске алынган жок.
