Согласно документам из областного архива, в период с 1899 по 1905 годы в регионе трудились первые медики.
Военный госпиталь был открыт в Пржевальске в 1908 году с размещением на 48 коек. В его штате числились 1 врач, 2 фельдшера и 1 акушер. Финансирование осуществлялось за счет местного бюджета, а сама больница имела 4 палаты, кабинет врача и аптеку.
Врачи круглосуточно обслуживали пациентов, не имея выходных. В то время в регионе наблюдались случаи оспы, тифа, малярии, туберкулеза и других инфекционных заболеваний.
Согласно указу народного комиссариата здравоохранения РСФСР от 2 июля 1925 года, бесплатное медицинское обслуживание получали государственные служащие, их семьи, члены профсоюзов, военные и инвалиды труда.
Постановление исполнительного комитета Кыргызской автономной области от 13 сентября 1925 года также гарантировало бесплатную медицинскую помощь во всех учреждениях региона.
Партийные структуры и исполнительные органы активно работали над расширением сети медицинских учреждений и повышением качества их услуг.
В 1926 году в Караколе функционировала больница на 30 коек, в венерологическом диспансере работали два врача.
Смородин Петр Ильич возглавлял отдел здравоохранения, а с мая 1924 года его сменил Лаженицын Иван Алексеевич, выпускник Казанского университета.
В течение многих лет важную роль в местной медицине играли врач Вольдемар Бекман и гинеколог Хахалева Мария Ефимовна, которые были супругами и удостоены нескольких государственных наград за свои 30 лет работы в здравоохранении.
К 1928-1929 годам больница в Караколе увеличила количество коек до 60: 22 в терапевтическом отделении, 38 в хирургическом и 10 в родильном. В 1930 году роддом был дополнительно оснащен 10 койками.
В 1928 году была открыта больница в Сазановке на 15 коек с 1 врачом, 1 фельдшером и 1 акушеркой.
В Тюпском районе в отремонтированном здании появилась еще одна больница на 15 коек. Также постепенно открывались медицинские учреждения в Покровке, Кольцовке, Чолпон-Ате, Ново-Вознесеновке и Уйтале.
По статистике, в 1927-1928 годах количество пациентов составило: 6852 в Покровке, 10328 в Кольцовке, 3331 в Чолпон-Ате, 3857 в Ново-Вознесеновке и 1437 в Уйтале.
21 ноября 1939 года указом Президиума Верховного Совета СССР была образована Иссык-Кульская область, что также привело к созданию областного отдела здравоохранения.
