По словам Мураталли Тажимамат Абдураимова, который отвечает за эту мечеть, дехканин Мамаюсуп Ходжи решил возвести храм для всех верующих, проживающих в этом районе. Он начал строительство на собственные средства и пригласил мастеров из таких знаменитых узбекских городов, как Самарканд и Хива, для выполнения популярной в то время росписи стен и потолков. Первоначальная площадь мечети составляла 13 на 12 метров.
С установлением Советской власти, которая отрицала религиозные убеждения, в здании мечети разместилось райпотребобщество Кара-Суйского района.
В послевоенные годы здесь была организована пекарня, где готовили традиционные хлебобулочные изделия, включая нават.
Лишь в 1981 году, по запросу местных жителей, мечеть вновь открылась. Первоначально ее называли «Бокий», что переводится как «Вечная».
Тем не менее, в начале 1990-х годов потомки основателя, Мамаюсуп Ходжи-Ата, обратились с просьбой вернуть мечети имя ее создателя.
Таким образом, мечеть снова стала известна как Мамаюсуп Ходжи-Ата, восстановив свое историческое имя.
Исторические источники сообщают, что в XVI и XVII веках искусство рукописи и переплетного дела достигло значительных успехов в религиозных и культурных памятниках. Искусное оформление внутренних стен включает изысканную каллиграфию и акварельные орнаменты. Среднеазиатская школа растительной росписи и миниатюры приобрела популярность в городах Великого шелкового пути, представляя различные стилистические направления, каждое из которых отличалось утонченностью архитектурных форм и мастерством исполнения.
